בקבוקים ריקים של של חומרים שאינם נדיפים יש פשוט לסגור ולשים במיכל פינוי הבקבוקים. אם נשאר מעט חומר, יש לשטוף פעמיים בממס מתאים (לדוגמה, במקרה של חומצה, במים), לסגור ולפנות למיכל האיסוף. את מי השטיפה יש לאסוף ולפנות כפסולת כימית מתאימה.
בקבוקים ריקים של של חומרים נדיפים – להשאיר את הבקבוק במנדף עד שהוא יבש, לסגור ולפנות למיכל האיסוף.
בקבוקים ריקים של של חומרים אורגניים שאינם נדיפים (כגון DMSO) יש לשטוף בממס נדיף מתאים (לדוגמה, אצטון) ולהשאיר במנדף עד שהבקבוק יבש, ולפנות. את השטיפות יש לאסוף ולפנות כפסולת כימית מתאימה.